Shindo Hikaru, é um estudante da sexta série, que estava no sótão da casa do seu avô, junto de sua amiga Akari, procurando coisas para vender e conseguir dinheiro. Então, ele acha um tabuleiro de Go, e quando vai limpar, percebe que o mesmo está manchado de sangue. Contudo, sua amiga não consegue ver isso. Ao tentar limpar o sangue, ele ouve uma voz, e vê um fantasma, até que desmaia. Ao acordar, o fantasma conta a sua história. Ele é Fujiwara no Sai, um exímio jogador de Go, que viveu no período Heian, como um dos tutores de Go do Imperador, que tirou a própria vida. Mas, ele morre tendo o objetivo de fazer a Jogada Divina, deixando seu espírito preso no tabuleiro de Go. Sai quer continuar em busca de seu objetivo, mas Hikaru não sabe nada de Go, além de achar o jogo chato. Depois da ajuda em uma prova de História, Hikaru concorda em levar Sai até um Clube de Go, e seguir a sua saga.

Hikaru no Go, foi a primeira grande obra de Obata, sendo publicado pela editora Shueisha na Shonen Jump. Hikaru no Go foi lançado no Brasil pela Panini.

O jogo de Go é um esporte tradicional japonês, que estava esquecido e voltou a ser popular no Japão justamente depois de Hikaru no Go, que possui partidas de Go fantásticas.